提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
踔厉奋发 做新时代新征程的奋进者******
【深入学习贯彻党的二十大精神·中国人民大学】
踔厉奋发 做新时代新征程的奋进者
——中国人民大学深入学习贯彻党的二十大精神
光明日报记者 姚晓丹 光明日报通讯员 孙浩爽 张凯怡
为深入学习贯彻党的二十大精神,中国人民大学牵头哲学社会科学“五路大军”中的杰出代表,深入开展党的创新理论的教育教学和研究阐释,铺开一份份学、思、践、悟的路线图。
谈到“五路大军”集结的原因,中国人民大学党委书记张东刚表示:“作为中国共产党创办的第一所新型正规大学,中国人民大学责无旁贷,要当好带头学习宣传研究阐释习近平新时代中国特色社会主义思想、推动马克思主义中国化时代化的旗帜,不断增强思想自觉、政治自觉、行动自觉,踔厉奋发、勇毅前进,以更加强烈的历史主动精神深化党的创新理论学习宣传研究阐释,坚定不移走好建设中国特色世界一流大学的新路,为不断开辟马克思主义中国化时代化新境界作出更大贡献!”
主动谋划、高效推进、凝聚共识,中国人民大学把思想和行动统一到党的二十大精神上来,把智慧和力量凝聚到党的二十大提出的目标任务上来,为全面建设社会主义现代化国家、全面推进中华民族伟大复兴持续贡献人大力量。
中国人民大学师生员工积极收看收听党的二十大开幕会盛况。姚伟康摄/光明图片
学深悟透 讲准讲深讲透讲活
2022年11月2日,近千名人大学子齐聚课堂,聆听中央宣讲团成员、中国人民大学校长林尚立作报告。林尚立详解大会主题、时代要求和使命任务,对青年学子学习贯彻党的二十大精神提出希望:“要勇做奋斗者、实干家;要立志做有理想、敢担当、能吃苦、肯奋斗的新时代好青年;要胸怀‘国之大者’。”报告会后的学生代表座谈上,谈及未来,同学们信心满满,“我们不仅是新时代的亲历者、见证者,更是新时代的受益者,未来还要努力成为新时代新征程上的建设者。”
中国人民大学持续探索“统学、领学、研学、联学、践学”的学习联动机制,第一时间面向全校干部师生宣讲党的二十大精神,开展党的二十大精神进“形势与政策课”专项行动,把中国式现代化伟大实践融入新时代思政课堂,举办集体备课会,书记校长主讲“新时代新征程”第一课,学术大师解读中国式现代化,党的二十大代表宋鱼水、祖力亚提·司马义、徐川等把热气腾腾的大会精神带进课堂,还有大中小学思想政治教育一体化贯通的青年宣讲课和社会大课堂与校园小课堂紧密结合的大调研。
经济学院教授刘守英讲“中国式现代化的独特路径”,哲学院教授臧峰宇讲“以中国式现代化全面推进中华民族伟大复兴的实践逻辑”……2022年11月起,彰显中国人民大学政治站位、学术品位、育人本位的“中国式现代化大讲堂”开讲,目前已有数十位知名教授为同学们带来一场场思想盛宴。
通过“新时代新征程”第一课、“中国式现代化大讲堂”学科示范课、“大道之行”名家讲座课、“时代之问”师生研讨课、“复兴之约”青年宣讲课、“奋斗之路”社会实践课,同学们从听众变成参与者,在问与答、讲与演、知与行的互动中把形势与政策转化为思考与行动。
“党的二十大胜利召开,人大‘红船人’第一时间组织学习,原原本本学、完完整整学。”曾在习近平总书记考察调研中国人民大学时作为学生代表汇报学习生活的王海蓉说,“青年一代与民族复兴的伟大进程同频共振,为中华民族伟大复兴奋斗终身,我们责无旁贷。”延河讲师团的同学面向全国近3000所中小学开展红色党史专题宣讲,“我们要将个人学业与党和国家的事业相结合,以学术研究的成果为全面建设社会主义现代化国家、全面推进中华民族伟大复兴贡献自己的力量!”曾与习近平总书记“同上一堂思政课”、来自延河讲师团的薛思齐说。
主动担当 联学联建联动联合
2022年11月7日,中国共产党创办的第一所新型正规大学和第一所中学——中国人民大学和延安中学分别在习近平总书记亲临考察过的教室以线上线下相结合的方式开展联学,将热气腾腾的大会精神和语重心长的殷殷教诲结合起来,让活跃在新时代新征程的延安精神更好地进校园、进课堂。
“习近平总书记的殷殷教诲和亲切关怀,将永远镌刻在我们的成长之路上,成为时刻激励我们奋进向前的力量源泉。”来自延安中学的常瑞雪同学在发言中说。中国人民大学“强国先锋”知行学社郑槐泠同学表示,将牢记嘱托、勇毅前行,传承和弘扬伟大延安精神,认真学习党的二十大精神,把对祖国血浓于水、与人民同呼吸共命运的情感贯穿学业全过程、融汇在事业追求中。
实践没有止境,理论创新也没有止境。不断谱写马克思主义中国化时代化新篇章,是当代中国共产党人的庄严历史责任。2022年上半年,中国人民大学正式启动“新时代党的创新理论建设工程:习近平新时代中国特色社会主义思想研究工程”,举全校之力强化习近平新时代中国特色社会主义思想研究的系统性谋划、整体性推进、项目化管理。
一马当先 研究阐释实践传播
党的二十大报告指出,十年来,我们经历了对党和人民事业具有重大现实意义和深远历史意义的三件大事。其中一件是完成脱贫攻坚、全面建成小康社会的历史任务,实现第一个百年奋斗目标。
瞄准这件大事,人大师生“一马当先”:聚焦全面推进乡村振兴、巩固拓展脱贫攻坚成果,中国人民大学做好顶层设计,集聚研究优势,实施“中华人民共和国脱贫攻坚口述史”系列访谈项目,组织师生深入全国832个贫困县开展调查研究,把成果写在中国大地上,培育一批批时代新人,书写属于人大人“独树一帜”的答卷。
复兴梦想正在召唤,广阔舞台已经搭建。由人大研究生组成的20支“理解中国”学术实践团队,奔赴习近平总书记考察过的省区市,围绕民族工作、基层治理、乡村振兴、疫情防控、产业发展等多个主题,利用假期开展实践调研,撰写调研报告。
党的二十大聚焦了全球目光,也牵动着中国人民大学万千在海外的学子、国际学生炽热振奋的心。他们以人大为起点,以饱满的精神风貌向全世界传递中国声音,讲好中国共产党故事,讲好我们正在经历的新时代故事。他们之中,有的虽身在千里之外的异国他乡,依旧心系祖国;有的参与党的二十大报告译校工作,以独特的视角理解中国担当;有的第一时间观看直播,认真学习党的二十大精神。他们为党的二十大擘画的中国未来发展的宏伟蓝图感到无比振奋,更加明确了当好展现可信、可爱、可敬中国形象友好使者的决心和信心。
走在前列 发挥示范带动作用
汇聚“独树一帜”的研究力量,中国人民大学在繁荣发展中国特色哲学社会科学上走在前列、干在实处,打造人文社科研究和创新高地,力争以有吸引力、感染力、影响力、生命力的“大平台、大团队、大项目、大成果”打造“独树一帜”的哲学社会科学人才队伍,部署重大研究工程、组建跨学科机构,凝聚高水平研究人才。
2022年2月,中国人民大学启动《中国文明史》《世界文明史》编撰工作和“中国式现代化与文明新形态研究院”筹备工作,2022年11月23日,中国人民大学“中国式现代化与文明新形态研究院”揭牌,“文明史研究工程”启动,以各领域重量级专家和青年学术骨干为基础组建《世界文明史》《中国文明史》研究团队,推动以文史哲为核心的、融通中外的“中国式现代化与文明史”研究。
打造“1+5+N”的高水平人才队伍体系,启动实施“新时代党的创新理论建设工程:习近平新时代中国特色社会主义思想研究工程”,与国内理论界顶级的单位团结合作,深入开展党的创新理论的教育教学和研究阐释。
围绕国家重大战略需求,相继成立“中共党史党建学院”“纪检监察学院”“祖国完全统一研究中心”“党委学生党建和思想政治工作委员会”等研究平台和工作机构,形成多个跨学科、跨学院的研究队伍,为构建中国特色哲学社会科学学科体系持续发挥示范带动作用。
“党办的大学让党放心、人民的大学不负人民,习近平总书记的殷切嘱托、深情厚望始终激励着人大师生踔厉奋发、团结奋斗。”张东刚说。
《光明日报》( 2023年01月10日 05版)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)